El Instituto Sudcaliforniano de Cultura (ISC), como la mayor parte de sus similares en el país, tiene una historia reciente que alcanza apenas 24 años de existencia. Su origen se enmarcó en la reestructuración institucional que en nuestro país se dio a partir de la década de los noventa, con el surgimiento del Consejo Nacional para la Cultura y las Artes de México, cuyo esquema se reprodujo en las entidades de la república.

Al crearse el Estado de Baja California Sur, ya bajo el gobierno del licenciado Ángel César Mendoza Arámburo (1975-1981), en 1977 se creó el Fondo para Actividades Sociales y Culturales del Estado de Baja California Sur (FONAPAS BCS), que reprodujo el esquema que a nivel nacional se implementó durante el sexenio del presidente José López Portillo. El Fondo surgió como un organismo público descentralizado que tuvo como objeto financiar o sostener actividades tendientes a fomentar el bienestar social y cultural de los habitantes.

A través de FONAPAS se construyó el edificio que se conoce actualmente como Ágora de La Paz, en el centro de esta ciudad, siendo la primer acción estructurada de un gobierno local para el fomento y desarrollo de la actividad cultural, así como un antecedente histórico del actual Instituto Sudcaliforniano de Cultura. Posteriormente se buscó la manera de promover integralmente el desarrollo cultural y artístico de los sudcalifornianos. Así, durante la administración del gobernador Alberto Andrés Alvarado Arámburo (1981-1987), el todavía Departamento Cultural alcanzó el rango de Dirección de Cultura con un mayor número de programas, lo cual motivó al titular Ejecutivo estatal a tomar la decisión de suprimir el FONAPAS.

A la nueva Dirección de Cultura se le confirieron, entre otras, las funciones de promover y vigilar del patrimonio arqueológico; editar y difundir la creatividad artística e intelectual; promover y coordinar las casas de la cultura, bibliotecas, museos y hemerotecas públicas; dirigir y coordinar el Archivo Histórico de la entidad; promover y coordinar actividades de la federación, municipios y particulares en la materia; así como promover y fomentar las manifestaciones culturales en las comunidades, y fomentar el conocimiento de la geografía y la historia de Baja California Sur.

En esta administración estatal se brindó un extraordinario apoyo material al desarrollo cultural de los sudcalifornianos con la construcción de la Unidad Cultural Profr. Jesús Castro Agúndez, en la ciudad de La Paz, inaugurada en enero de 1987. En la Unidad se construyeron el Teatro de la Ciudad, el Teatro al Aire Libre Profesora Rosaura Zapata y la Rotonda de los Sudcalifornianos Ilustres, y se instalaron el Archivo Histórico Pablo L. Martínez, la Biblioteca Central Filemón C. Piñeda y la Galería de Arte Carlos Olachea.

En el siguiente sexenio, a cargo del licenciado Victor Manuel Liceaga Ruibal (1987-1993), la Dirección de Cultura realizó, entre otras actividades, una importante labor editorial. Se crearon programas como el de "Vamos al Teatro" y "Con la música en tu escuela". Se impulsó la Radio Cultural, se crearon las coordinaciones de fomento musical, fomento teatral y arte popular; se consolidó la primera Red Estatal de Casas de Cultura, se creó la primera videoteca estatal con mas de 500 videos en formato VHS y se remodeló la Casa de la Cultura del Estado, entre otras acciones.

En 1994, siguiendo el modelo del gobierno federal en materia de cultura, el entonces gobernador del Estado, licenciado Guillermo Mercado Romero, presentó al Congreso del Estado la iniciativa con proyecto de decreto a efecto de crear el Instituto Sudcaliforniano de Cultura. El 10 de mayo de 1994 fue aprobado el proyecto por el Congreso, siendo publicado en el Boletín Oficial del Gobierno del Estado de Baja California Sur. Entre las características del ISC se puede mencionar que surgió como un organismo descentralizado, dotado de autonomía, y con patrimonio y personalidad jurídica propios, otorgándosele el nivel de entidad coordinadora de los esfuerzos en materia cultural en BCS.

Cuando fue creado el ISC se le incorporaron, en su estructura orgánica, administrativa y normativa, las siguientes áreas: Teatro de la Ciudad, XEBCS Radio Cultural Sudcaliforniana (la cual posteriormente se desprendería para convertirse en el Instituto Estatal de Radio y Televisión), Coordinación Estatal de Bibliotecas Públicas, Biblioteca de las Californias, Librería Educal de La Paz, Archivo Histórico Pablo L. Martínez, Casa de la Cultura, Escuela de Música del Estado, Galería de Arte Carlos Olachea Boucsiéguez, y la Galería Regional de Antropología e Historia (la que poco tiempo más tarde se convertiría en Museo). Adicionalmente, y en forma práctica, se le encargó la administración de la Unidad Cultural Profr. Jesús Castro Agúndez (que incluía el Teatro al Aire Libre Profra. Rosaura Zapata Cano y la Rotonda de los Sudcalifornianos Ilustres), así como las instalaciones del Ágora de La Paz.

En el propio decreto de creación, se establecieron cuatro órganos para su dirección y administración: el Consejo Directivo, el Consejo Consultivo, la Dirección General y el Patronato. Desde su creación, el ISC ha contado con los siguientes directores generales: maestro Aníbal Angulo Cosío (1994-1999), Raúl Conde Peraza (1999-2000),  licenciado Alfonso Gavito González (julio 2004-octubre 2004), maestra Leticia Bustamante Alcalde (2004-2005), licenciada Elsa de la Paz Esquivel Amador (2005-2011), licenciado Fabián Barajas Sandoval (2011-2014), licenciado Christopher Alexter Amador Cervantes (2014-2021) y licenciado Víctor Hugo Caballero González (2021-presente).