En el Museo de las Misiones se exhibe una importante colección de arte sacro, que da cuenta del proceso de evangelización jesuítico de la Antigua California. Está ubicado en un convento construido en el siglo XVIII por la orden religiosa de los jesuitas. Al paso de los años el templo pasó a manos de los franciscanos y posteriormente de los dominicos. En él se resguardan y exhiben alrededor de 300 piezas, entre vestigios arqueológicos, pinturas y esculturas sacras de los siglos XVII y XVIII, campanas, incensarios y documentos antiguos, tales como el Catecismo histórico impreso en 1681 y el Libro de comentarios del eclesiástico de 1701. Destaca una campana que cayó al mar en 1875, la cual quedó atrapada en las redes de unos pescadores cien años después.